几近完整的高质量草莓参照基因组公布

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  据英国《自然·遗传学》杂志25日在线发表的一项研究,美国一分3d家报告了一个几近完整的草莓参照基因组。该高质量基因组不但为了解草莓起源和演化历史提供了新见解,还对未来改善其品种及提高抗病性大有助力。

  八倍体栽培种草莓卡姆罗莎有8组染色体,也被称为花园草莓,因其味美清香而深受喜爱。

  此次,美国密歇根州立大学研究人员帕德里克·艾德格及其同事,对该八倍体草莓的基因组进行了高质量组装和注释,共鉴定出10万多个草莓基因。研究团队对草莓属二倍体种(拥有两组染色体的草莓品种)的31组RNA分子进行了测序,并将二倍体种的表达基因序列与八倍体栽培种草莓的表达基因序列进行了对比。

  研究团队随后通过演化分析,鉴定出了森林草莓、饭沼草莓以及此前未知的绿色草莓和日本草莓,是八倍体栽培种草莓的4个二倍体祖先种。该分析结合现存种的地理分布还可以表明,八倍体草莓起源于北美。

  除此之外,团队还对八倍体草莓的4个亚基因组开展了演化动力学分析,他们发现了一个占支配地位的亚基因组,能在很大程度上控制草莓的代谢和抗病性状。

  研究人员总结表示,草莓的演化和起源信息、占主导地位的亚基因组,以及八倍体草莓高质量基因组,未来能作为研究人员和育种者改善栽培种花园草莓口味、香味和提高抗病性的有利资源。(张梦然)

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